Joya de Cerén fue una comunidad maya que sufrió la misma catástrofe que la antigua Pompeya, sin la pérdida de vida humana. Los arqueólogos no encontraron osamentas humanas en sus excavaciones, lo que indica que la población tuvo tiempo de salir huyendo antes de perder la vida. Sin embargo, dejaron todas sus pertenencias, y esto se ha convertido en una ventana a la vida maya. Las casas de adobe quedaron perfectamente preservadas, al igual que un centro comunitario y hasta un baño sauna. Esto lo tomaron como evidencia de que la comunidad tenía un buen nivel de vida. Hoy día los artefactos están reunidos en un museo que además presenta posibles escenarios de la vida en el pueblo. Fue declarado Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO.

Su nombre Joya lo toma por la importancia del sitio arqueológico y Cerén por que la hacienda donde fue encontrado el sitio cuando construían los silos para almacenar granos perteneció a la familia Cerén.
Hace aproximadamente 1400 años, el sitio arqueológico de Joya de Cerén era una aldea floreciente a orillas del Río Sucio, antes llamado Nexapa. Los 5 kms que separan Joya de Cerén con Campana San Andrés exigían aproximadamente una hora a pie o un viaje breve en canoa por el río Sucio.

A pesar de que Joya de Cerén era autosuficiente en la producción de alimentos, la construcción de edificios y la elaboración de utensilios, sus habitantes dependían de San Andrés para la obtención de artículos, como herramientas, obsidiana, hachas de jade, pigmentos rojos y talvez conchas de mar y sal. Por tanto, es posible que los pobladores de Cerén hayan tenido que producir excedentes de alimentos o herramientas para intercambiarlos con otros productos en San Andrés.

Los pobladores realizaban sus labores cotidianas, nada indicaba que pudiera ocurrir una erupción, pues el paisaje esta despojado de conos o cráteres volcánicos; sin embargo, sabemos que hubo un terremoto moderados previos a la erupción, ya que en zona oriental existen pequeñas grietas ocasionadas por movimientos tectónicos.
La aldea fue sepultada por cuatro a seis metros de cenizas. La capa de materiales volcánicos no sólo cubrió por completo todos los edificios, sino que llenó acequias y pequeños drenajes, borrando así toda noción de la existencia de ese lugar. Lava y ceniza sellaron de tal manera la zona que resultó inútil excavar. Según dicen ni los roedores, ni los agentes naturales que suelen modificar las aldeas abandonadas lograron penetrar en la capa de ceniza volcánica convertida en piedra.

Tras descansar en la serenidad de su tumba de ceniza volcánica, el sitio fue descubierto en 1976, cuando un tractor nivelaba una pequeña cocina con el fin de hacer una plataforma para guardar granos en silos. El conductor viaja a San Juan Opico a informar al Museo David J. Guzmán del hallazgo, espero 3 días hasta que el arqueólogo designado llegara, quien al descubrir la buena conservación de los pisos de tierra, de muros y aún de los techos de paja caídos, supuso que eran construcciones recientes. Debido a que el Museo no podía hacerse cargo del mantenimiento de los restos arqueológicos precolombinos, y menos aún de construcciones que supuso recientes, autorizó que siguieran adelante las obras de nivelación. De ahí se calcula que más de una docena de habitaciones fueron destruidas.

En 1978, el arqueólogo Stanley Boggs hacia un estudio arqueológico del valle de Zapotitán, donde conversó con una familia cercana al sitio y le hablaron de reciente hallazgo que era una casa sepultada por cenizas. Al principio dice que también creyó que eran construcciones recientes, ya que jamás había encontrado techos de paja en sitios arqueológicos de México. Él hizo unos estudios de radiocarbono, técnica que permite averiguar la antigüedad de materiales orgánicos, mostrando una antigüedad de cerca de 1400 años.

Al ver las dificultades de continuar la excavación, regresaron en 1979 con instrumentos de alta tecnología que detectaran anomalías bajo tierra. El éxito de esta primera incursión los hizo volver en 1980 para ampliar las investigaciones. Por motivos de inseguridad personal debido a la guerra, la investigación no fue reanudada sino hasta 1989.
Joya de Cerén se abrió al público salvadoreño un museo en el sitio, con material didáctico, caminos para que los visitantes pudieran apreciar la arquitectura original y guías que le brinden información del lugar.

Joya de Cerén en 1993 fue postulada y nombrada por la UNESCO, Patrimonio para la Humanidad, el cual muestra su importancia mundial la cual detalla la historia y el encuentro con las raíces de la vida familiar de los salvadoreños hace 1400 años.

Este sito es tan importante para la historia de la humanidad debido a que gracias a este hallazgo se conoce acerca de la manera en que los indígenas realizaban sus huertos caseros, como era la distribución de sus casas además de otras actividades que realizaban en los alrededores como la elaboración de utensilios para el hogar, elaboración de artesanías y el intercambio comercial entre otros.
De acuerdo a las investigaciones y según los vestigios arqueológicos encontrados en el territorio, ha sido uno de los más poblados a lo largo de los últimos 3500 años. Hasta muy recientemente se han realizado investigaciones sistemáticas sobre el patrimonio arqueológico del país, que han dado como resultado descubrimientos de gran relevancia, como uno de los más recientes el descubrimiento de "Joya de Cerén", que fue adscrito como patrimonio de la humanidad en 1993.

Ubicado en el municipio de San Juan Opico, el sitio está constituido de 17 estructuras, entre ellas viviendas, edificios comunitarios, dos bodegas para alimentos y dos cocinas, con muchos utensilios de trabajo. Joya de Cerén era una pequeña granja que fue enterrada por 5 metros de ceniza volcánica durante la erupción del Laguna Caldera, por lo que ha sido llamada la Nueva Pompeya y la Pompeya de las Américas.
El acervo cultural de las antiguas civilizaciones, no explorado en su totalidad, lo convierte en uno de los misterios arqueológicos más impresionantes del continente americano.