Iquitos era una pequeña aldea poblada por la tribu de los indios Iquitos.

A partir de 1864, con la visita del mariscal Castilla, Iquitos se convierte en ciudad y capital del departamento. Durante el siglo XIX incrementó su comercio con Brasil, pero recién desde 1880, con la explotación del caucho, inició su expansión como ciudad.

De esa época de esplendor y lujo, cuando se traían adoquines y mosaicos europeos para decorar las mansiones de los adinerados caucheros, queda el ex hotel Palace, de estilo morisco, y la Casa de Fierro diseñada por Eiffel (constructor de la famosa torre que lleva su nombre en París).

En 1938 comienza la explotación petrolera, controlando hoy en día con importantes reservas petroleras e importantes proyectos de utilización del recurso forestal.

Por esta época Iquitos tenía mejores comunicaciones con Europa, a través del río Amazonas, que con la ciudad de Lima, capital del Perú.

Iquitos ha sido siempre el principal puerto fluvial amazónico del Perú.El 9 de noviembre de 1897 Nicolás de Pierola nombra a la ciudad de Iquitos como capital del departamento de Loreto.

El Congreso de la Republica declara el 18 de octubre de 1,828 como fecha de fundación de la ciudad de Iquitos, capital de la provincia de Maynas, región Loreto.

En la actualidad son varios los grupos nativos que habitan en la selva, muchos de los cuales están en contacto permanente con la civilización.Estos grupos viven principalmente en las márgenes de los ríos Amazonas, Napo, Ucayali, Marañón y Nanay.